海产深加工企业出口 海关最低限价问题 求解？

知鱼

最近接触一家1995年成立的老牌企业，区域行业排名前三名。企业主营海产品深加工企业，年加工量3万吨，员工1500人。
2014报税财报（总资产8.8亿，净资产3.4亿，负债5.4亿，收入5.5亿，主营业务利润6600万，净利润2800万）；
2013报税财报（总资产6.9亿，净资产3.1亿，负债3.76亿，收入5.4亿，主营业务利润8200万，净利润6196万）；
2012年报税财报（总资产6.4亿，净资产2.55亿，负债3.84亿，收入5.7亿，主营业务利润7349万，净利润3601万）。
该企业无核心技术，在设备及安全质检，冷链运输管理上有一定的优势。挂牌新三板，立项已过！
三方开始进场，尽调时企业在财务运营上不是很规范，主要问题有三：
1、原材料采购及辅料采购手工记账，其余电子账（金蝶软件），此问题如何处理？
2、2014年企业应收账款3.3亿，其他应收8200万；2013年应收款2.18亿，其他应收1.02亿；2012年应收款1.88亿，其他应收5000万。应收账款数目巨大的原因，与企业沟通后确认，海关对出口商品有最低限价标准，比如每吨深加工的鳕鱼最低出口价是320元，而企业与代理商的合同价每吨是300元，20元的高出部分，企业则全部计入应收账款项，导致常年积累下来，此问题如何处理？请指教！
3、公司90%的产品外销欧美，往来账目凭证不齐备，后续查缺补漏会有较大的工作量。
    请有经验的同行，多多指点！第一次接触海产出口加工类企业的项目。有些行业通病还不是很了解。
    请指教！不胜感激！