关于整体改制有关问题的紧急求助

azu

最近遇到一家准备申报材料的公司有这样一个问题：公司当年（2003年）整体变更股份公司时，是按经评估的净资产以接近1：1的比例折股的，评估增值有1000多万元，但是公司当时没有缴纳该增值部分的企业所得税，也没有进行会计处理，但是公司在后面的纳税年度的所得税汇算清缴时将此增值部分的摊销或折旧从成本费用中剔除。在会计师的三年一期审计报告中，期末没有计提该项增值部分的递延所得税负债。
我想问的是：1、公司当年整体变更股份公司时是否存在出资不实的问题？（因为当年直接按经评估的净资产折股没有剔除增值部分的所得税负债）
2、会计师出具的三年一期的审计报告是否需要修改？（计提相应的所得税负债）
3、有什么好的办法可以消除该事件的影响？（比如现在一次性补交所有税款、请省级工商部门出具相关声明等）

microdot

根据中小企业股票发行上市问答第二版的描述：
常见的公司设立方式是主发起人以经营性净资产或经营性实体（包括子公司、分公司）评估作价，并联合其他发起人以现金或非货币资产出资成立公司。企业以非货币性资产出资时，资产评估增值部份按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）的规定处理：
（1）以整体资产出资时，收到的对价是被投资方的股权(即整体资产评估增值部份属于股权支付对价)暂不计算确认资产评估增值部份的所得或损失。
（2）以其它非货币性资产出资时，应当将其非货币性资产评估增值额部分计入应纳税所得额，缴纳企业所得税。
税法所指的非货币性资产包括：企业持有的货币性资产（即企业持有的现金及将以固定或可确定金额的货币收取的资产，包括现金、应收帐款、应收票据和债券等）以外的资产，包括存货、固定资产、无形资产、股权投资等

zgzqdld

请问股本是按评估值转的，而会计没有按评估调账不太可能,，如果没调账我认为属于出资不实，如果调账了就不是属于出资不实，会计不需要计递延所得税负债，股东需要补交所得税，如果股东是个人的活可以暂时免征，在转让股权时一并征收。