整体变更折股时的个人所得税问题，实践操作？

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国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知国税发[1997]198号
一、股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。
　　二、股份制企业用盈余公积金派发红股属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应作为个人所得征税。
　　

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关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中
个人股增值所得应纳个人所得税的批复
信息来源：银川市地方税务局 发布于：2004-06-19 10:25

1998年5月15日  国税函[1998]289号

重庆市地方税务局：
你局《重庆市地方税务局关于重庆市信用社在转制为重庆城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税问题的请示》(渝地税发[1998]88号)收悉。经研究，现批复如下：
一、在城市信用社改制为城市合作银行过程中，个人以现金或股份及其他形式取得的资产评估增值数额，应当按“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税，税款由城市合作银行负责代扣代缴。
二、《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发[1997]198号)中所表述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公税金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。

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最好取得有权审批该事项的税务部门的书面确认文件消除该不确定性。

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根据《国家税务总局关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复》（国税函发[1998]333号）的规定，有限公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际上是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。因此，依据《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发[1997]198号)精神，对属于个人股东分得再投入公司(转增注册资本)的部分应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税，税款由股份有限公司在有关部门批准增资、公司股东会决议通过后代扣代缴。
但是，目前对于盈余公积和未分配利润转增资本是否缴纳个人所得税问题，各地的作法不一。很多地方地税有免除股东个人所得税的规定，但违背国税的文件。通常的处理方式是，股东获得地税的免税通知书，股东承诺如果国税追缴，则股东补足。如奥维通信的招股说明书中披露，“ 公司根据《中华人民共和国个人所得税法》第五条、《辽宁省地方税务局关于落实<中共辽宁省委、省人民政府关于加强技术创新发展高科技实现产业化的若干决定>有关地方税收政策的通知》（辽地税发[1999]50 号）减征个人所得税的规定，对本次由未分配利润形成的增资部分申请免征个人所得税，2006 年2月20 日获得沈阳市地方税务局高新技术产业开发区分局的批准。若今后沈阳市地方税务局要求公司股东缴纳公司未分配利润转增股本所涉及的个人所得税，公司全体发行前股东已承诺愿意按照税务机关的要求一次性补缴本人应缴纳的全部个人所得税，具体以税务机关通知的数额为准。”
另外，还有一种处理方式是，自然人股东在整体变更为股份公司之后按照规定缴纳个人所得税，此后再由政府以奖励的形式返还。如方圆支承的招股说明书中披露，公司自2006年12月20日由方圆有限公司整体变更后，进行了一次增资，增资款便来源于马鞍山市政府对所有发起人股东的奖励。
综上所述，虽然国家有针对该问题的明文规定，但是各地作法不一，并且目前很多过会的招股说明书在上述情况发生后都未提及，但是不排除以后被追缴的可能。