申请机构验资后抽逃出资如何规范

不走寻常路

我们做的一个私募基金管理人登记法律意见书项目，申请机构注册资本5000万，协会一般要求实缴200万以上，具备开展业务的资金即可，申请机构没和律师商量，借款5000万实缴并做了验资，之后将5000万直接还给了出借方，转账凭证上写的还款，现在我们核查财务账册发现一笔5000万的其他应收，发现了这个问题。目前沟通如果5000万全部退回，申请机构表示资金占用的压力太大，而且即便退回了，只要通过申请会立刻抽走。并且希望只退回1000万左右。
目前我们感觉这个问题风险比较大，希望能保证律师风险最小化的情况下去做成这个项目。请问各位大神，这种情况怎么规范？